Несмотря на то, что опасность, казалось бы, уже полностью миновала, автоботы принимают решение о том, чтобы оставить на Земле определенную группу опытных защитников, которой руководит Оптимус Прайм. Действия предосторожности себя оправдали. Буквально через 3 года вновь появляется Мегатрон. Он надеется при помощи Тёмного Энергона, которого принес с собой, взять реванш за прошлые поражения. Автоботам снова пришлось взять в руки оружие. Дружба с земными подростками помогает им сражаться, чтобы навсегда освободить обитателей Земли от десептиконов.